갯녹음으로 인한 해조류 유실은 환경에 부정적 영향을 미친다. 해조류는 해양생태계에서 광합성을 통해 해수에 산소를 공급하고, 영양염을 흡수하면서 적조현상을 간접적으로 막는 역할을 한다. 갯녹음 현상으로 인해 해조류의 양이 감소하는데, 이는 결국 연안 생태계 파괴, 어장 황폐화, 수산자원의 고갈 등의 문제를 야기한다. 그리고 최근 바다의 해조류 감소에 따른 종의 다양성 감소, 해양의 CO2 흡수 능력 약화와 같은 생태학적 문제점 환기를 통해 갯녹음 해역의 복원에 관한 대책 마련이 필요하다.